У ARM организован процесс отладки не так просто, как у AVR, поэтому не удивляйтесь, что Ваш "Hello World!" хорошо работает в симуляторе, а на отладочной плате глючит, не запускается, не работают точки останова и т. д. Дело в том, что для работы отладчика с MT-LINK нужны специальные настроечные макросы и инициализационный код для процессора. Поэтому других вариантов практически нет, кроме как взять один из примеров от IAR (ищите в папке c:\Program Files\IAR Systems\Embedded Workbench 5.0 Evaluation\ARM\examples\).

Если коротко, что нужно сделать следующее:

1. Поставить драйвера для SEGGER J-LINK.

2. Накатить лицензии (ключевое слово для поиска в Интернете - rdikeygen).

3. Загрузить в IAR любой пример из тех, что идут в пакете IAR Embedded Workbench for ARM (далее просто IAR EW ARM или IAR) для платы AT91SAM7X-EK от Atmel, не забыть поставить тип драйвера отладчика J-Link/J-Trace или RDI.

4. Не забыть подключить (если Вы делаете проект с нуля) или настроить (если Вы корячите примерчик, приспосабливая его под свой проект) код начальной инициализации процессора ARM (Cstartup).

Подробно описывать не буду, поскольку сам еще не разобрался во всех тонкостях, и пока нет времени. Может быть, Вам поможет что-нибудь из статьи "ARM: записи чайника".