После установки AVR Studio по умолчанию этот консольный программатор находится в папке c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII.

Вот примеры использования (эмулятор JTAGICE mkII подключен к компьютеру через USB, а программируемое устройство через стандартный ISP 6-пиновый коннектор http://microsin.ru/content/view/583/44/):

1. Программирование памяти flash (-pf) микроконтроллера ATMega16 (-d) в режиме ISP (-mi) файлом main.hex (-if), с предварительным стиранием (-e)
"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -d ATmega16 -e -mi -pf -if main.hex

2. Программирование fuses (-f) микроконтроллера ATMega16 (-d) в режиме ISP (-mi), с предварительным стиранием (-e). Значение fuses указывается в виде слова 0x09ff, где 09h - старший байт (Fuse high byte), а 0xff - младший байт (Fuse low byte).
"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -d ATmega16 -e -mi -f 0x09ff

3. Прочитать значение fuses:
"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -q -d ATmega16 -mi

c:\>"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -d ATtiny45 -e -mi -pf -if default\Haunted-USB.hex
jtagiceii.exe v1.2.5 Copyright (C) Atmel Corporation 2004-2006
SetDevice - Client: Answer ID was unexpected
c:\>"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jta
giceii.exe" -d ATtiny45 -f 0xDFC1 -E 0xFF
jtagiceii.exe v1.2.5 Copyright (C) Atmel Corporation 2004-2006
SetDevice - Client: Answer ID was unexpected

Причина - отсутствие питания на программируемом устройстве (нужно отдельно запитывать программируемое устройство, так как через 6-контактный ISP-коннектор от программатора JTAGICE mkII питание не подается).